Von einer wirklich "naturnahen" Waldbewirtschaftung ist das Biosphärenreservat Pfälzerwald in großen Teilen noch weit entfernt.

Die Wälder werden das ganze Jahr über mit Durchforstungs- und Pflegehiebmaßnahmen in großem Stil belastet. Dabei werden die Zeiten, in denen die Tiere ihren Nachwuchs zur Welt bringen, nicht ausreichend beachtet, so dass die Nistplätze von Vögeln und anderen Baumhöhlenbewohnern und ihrem Nachwuchs gefährdet sind. Fledermäuse in ihrem Sommerquartier in Baumhöhlen und Rindentaschen sterben bei den massiven Durchforstungen mit Harvestern und schweren Transportfahrzeugen ebenso, wie wandernde Amphibien und Reptilien. Die Schädigung des sensiblen Waldbodens durch Verdichtung und damit der Verlust an Fruchtbarkeit (an verdichteten Stellen wächst kein gesunder Wald) ist nicht ausreichend eingegrenzt.

Waldflächen und Bergkuppen werden durch die Entnahme von Bäumen oft übermäßig freigestellt und die dadurch aufgerissene Walddecke der Sonneneinstrahlung ausgesetzt. Eine möglicherweise an diesen Stellen beabsichtigte Naturverjüngung findet aufgrund der hohen Wilddichte kaum statt (Verbiss der Jungbäume).

Die verbleibenden Bäume weisen in der Folgezeit häufig eine Rindenzerstörung durch "Sonnenbrand" auf - allerdings werden sie im Schirmschlagverfahren sowieso weiter gefällt, so dass die Fläche nach und nach völlig vom alten Baumbewuchs freigeschlagen ist. Diese mehr als 100 Jahre alte Verfahren führt zu einem neuen Altersklassenwald (alle Bäume haben in etwa das gleiche Alter). Seit vielen Jahren wird aber angeblich ein "strukturreicher" naturnaher Wald gefördert. Nur - wo soll der im Wirtschaftswald sein? Altbäume über 120-140 Jahre sucht man hier vergeblich.

Die  Waldböden trocknen  jedenfalls im Schirmschlag durch die ungehinderte, starke Sonneneinstrahlung auf die Flächen weiter aus. Heut weiß man, dass beispielsweise Jungbuchen, die im Schatten der Mutterbäume wachsen, von ihnen lange mit Zucker versorgt werden. Auch die "Wasserglocke", die der Altbaum in seinem Wurzelsystem speichert, hilft in Hitzeperioden. All das schwächt den Wald in seiner eigenen Regenerationsfähigkeit, so dass die Nutzung keineswegs "nachhaltig" ist.

Sensible Feuchtbereiche wie Hangmoore, an denen im Biosphärenreservat Pfälzerwald der geschützte Königsfarn gedeiht, trocknen durch diese Bewirtschaftungsweise aus. Die wenigen Standorte des größten europäischen Farnes werden mit diesen Maßnahmen gefährdet.

Damit Abfuhrunternehmen die Lagerplätze von Stammholz finden, werden ihnen die GPS-Koordinaten mitgeteilt, so dass Fuhrunternehmen zu jeder Tages- oder Nachtzeit Holz abtransportieren können. Für den Wildkatzennachwuchs ist diese Methode fatal, da die Kätzin die Holzpolter häufig für ihre Jungen als Ruheplatz nutzt.

Entgegen den Empfehlungen von deutschlandweit anerkannten Wildkatzenexperten werden beim Abtransport von Holzpoltern keine zeitlichen Beschränkungen - etwa die Zeiten vor und nach den Hauptwurfzeiten der Katzen - berücksichtigt. All das, obwohl die Wildkatze als Leitart definiert wurde und sowohl durch die europäische Flora-Fauna-Habitatrichtlinie, als auch durch das Bundesnaturschutzgesetz als Tierart selbst und auch ihr Lebensraum streng geschützt ist. In der vom Bundesamt für Naturschutz 2009 herausgegebenen "Roten Liste" gilt die Wildkatze (Felis silvestris) als gefährdet.